C. difficile は、芽胞を形成する偏性嫌気性のグラム陽性桿菌です。健康な成人の5-10%、入院患者では約25%の糞便中から検出されます。病院で生まれた新生児の便からも分離されるので、新生児集中治療室などを
C. difficile の芽胞の貯蔵庫と言う人もいます。老人施設も芽胞の貯蔵庫となる可能性が高いと考えられています。
芽胞を持っているので完全に除去することが難しく、床やトイレなど病院の環境中からも分離されます。そして、クリンダマイシン等の抗菌薬の投与を続けることによって正常細菌叢が乱れると、
C. difficile が異常増殖して偽膜性大腸炎の発症に至ることになります。